小御門神社の御祭神である藤原師賢公は、内大臣花山院師信の子として生まれ、後醍醐天皇の側近として仕え、大納言となられたは公は、
後醍醐天皇が幕府の軍に攻められた時、自ら帝の為に身代わりになられる事を申し出、比叡山にて鎌倉幕府の軍と戦いました。
しかし戦い敗れ、帝の下で再起を図ろうとしていた所 、京都にて捕らえられ、幕府によって下総国名古屋の地に遠流の御身となり、
元弘二年（一三三一）旧暦十月二十九日、御年三十二歳にてご生涯を閉じらたのです。
その後、地元住民からの願いにより明治天皇は、明治十二年（一八七九）勅旨を以て創建の許可を賜り、御自ら社号を小御門神社と定められました。
そして同十五年年（一八八二）には明治天皇よら御剣を賜り、鎮座祭を行い別格官幣社に列格されたのです。